Gene Technology and Basics in BioinformaticsLaajuus (5 cr)
Code: TX00FO52
Credits
5 op
Objective
The student understands the basics of gene technology in theory and practice. The Student understands the significance of DNA techniques in different applications, for example in cloning, human identification and GMO analyses. The student is familiar with the Finnish law and regulations and has considered ethical issues regarding gene technology. Student knows the fundamentals of bioinformatics.
Content
Cloning methods. DNA amplification and sequencing methods, basics in DNA bioinformatics, RNAi techniques and genome editing methods.
Gene technology ethics, Finnish law and regulations, risk analysis.
The student can isolate, purify and characterize nucleic acids in the laboratory.
Assessment criteria, satisfactory (1)
Student demonstrates a basic understanding of gene technology principles.
Student struggles to perform basic gene technology techniques and may require extensive guidance.
Student has difficulty in analyzing experimental data and may not effectively apply critical thinking to problem-solving in gene technology.
Student possesses a basic understanding of bioinformatics concepts.
Student struggles to use bioinformatics tools and software effectively.
Student has difficulty in integrating gene technology experiments with bioinformatics analysis.
Assessment criteria, good (3)
Student shows a good understanding of gene technology principles, including concepts such as gene cloning, PCR, and genetic engineering.
Student demonstrates good practical proficiency in gene technology techniques, such as DNA extraction, PCR, and gel electrophoresis, with limited supervision.
Student effectively analyzes experimental data, draws logical conclusions, and applies critical thinking skills to address scientific questions and challenges.
Student exhibits a good understanding of bioinformatics principles, including sequence analysis, databases, and computational tools. Student is proficient in the use of common bioinformatics tools and software for tasks such as sequence alignment, data retrieval, and data analysis.
Student effectively integrates gene technology experiments with bioinformatics analysis to draw meaningful conclusions from experimental data
Assessment criteria, excellent (5)
Student exhibits an excellent understanding of gene technology principles, with the ability to explain complex techniques and their applications.
Student displays excellent practical proficiency, independently executing advanced gene technology experiments and troubleshooting when necessary.
Student demonstrates outstanding analytical and critical thinking skills, offering innovative solutions and insights within the field of gene technology.
Student demonstrates an excellent understanding of bioinformatics, with the ability to explain advanced concepts and their relevance to genomics and molecular biology.
Student displays exceptional proficiency in utilizing a wide range of bioinformatics tools and software, including complex data mining and analysis.
Student has excellent skills in the combination of genetic engineering results and bioinformatic tools in the analysis.
Enrollment
01.05.2024 - 31.05.2024
Timing
19.08.2024 - 11.10.2024
Number of ECTS credits allocated
5 op
Mode of delivery
Contact teaching
Unit
School of Smart and Clean Solutions
Campus
Leiritie 1
Teaching languages
- Finnish
Seats
0 - 40
Degree programmes
- Biotechnology and Chemical Engineering
Teachers
- Hye Jung-Majanen
Groups
-
BIO22Bio- ja elintarviketekniikka
Objective
Opiskelija hallitsee geenitekniikan perustekniikat teorian ja käytännön tasolla. Opiskelija ymmärtää DNA-analyysien merkityksen eri sovelluksissa, esimerkiksi kloonauksen, yksilöntunnistuksen tai GMO-analyysin yhteydessä. Opiskelija on tutustunut geenitekniikan lainsäädäntöön, ja pohtinut alaan liittyviä eettisiä kysymyksiä. Opiskelija osaa bioinformatiikan perusteita.
Content
Kloonauksen perusmenetelmät. DNA:n monistus- ja sekvensointitekniikat, DNA-bioinformatiikan perusteet, RNAi-mekanismit sekä genomin muokkaus.
Geenitekniikan etiikka, geenitekniikkalainsäädäntö ja riskianalyysit.
Opiskelija eristää, puhdistaa ja karakterisoi nukleiinihappoja käytännön laboratoriotöissä.
Location and time
Leiritie 1, 1. periodi
Materials
Suominen Ilari, Pärssinen Raimo, Haajanen Kari & Pelkonen Jani.
Geenitekniikka ja/tai
Pärssinen, R., Suominen, I. & Haajanen, K. Biogeeni. Ammatillista biokemiaa ja geenitekniikkaa.
Räikkä, J. ja Rossi, K. Geenit ja etiikka.
Muu tunnilla jaettu materiaali.
Teaching methods
Aktivoiva luento
Laboratorioharjoitukset BIP-projektin yhteydessä
Pienryhmäohjaus
Bioinformatiikan opetusohjelmat
Employer connections
FIMM, NGS sekvensointiluento
Exam schedules
Ilmoitetaan kurssin alussa.
Completion alternatives
AHOT
Student workload
Luennot lukujärjestyksen mukaan ja laboratoriotyöt toteutetaan.
Content scheduling
Teoriaa 2.5 op ja labroja 2.5 op.
Evaluation scale
0-5
Assessment criteria, satisfactory (1)
Opiskelija osoittaa ymmärtävänsä geenitekniikan periaatteet.
Opiskelijalla tarvitsee laajamittaista ohjausta perustekniikoiden suorittamisessa.
Opiskelijalla on vaikeuksia analysoida kokeellisia tietoja eikä hän välttämättä osaa sovelltaa tietoa kriittisesti.
Opiskelijalla on perustiedot bioinformatiikan käsitteistä.
Opiskelijalla ei hallitse bioinformatiikan välineitä ja ohjelmistoja.
Assessment criteria, good (3)
Opiskelija osoittaa ymmärtävänsä hyvin geenitekniikan periaatteet, mukaan lukien sellaiset käsitteet kuin geenien kloonaus.
Opiskelija osoittaa hyvää käytännön osaamista geenitekniikan tekniikoissa, kuten DNA:n eristäminen, PCR:ssä ja geelielektroforeesissa, vähäisellä ohjauksella.
Opiskelija analysoi kokeellisia tietoja, tekee loogisia johtopäätöksiä ja soveltaa kriittisen ajattelun taitoja tieteellisten kysymysten ja haasteiden ratkaisemiseen.
Opiskelija ymmärtää hyvin bioinformatiikan periaatteet, mukaan lukien sekvenssianalyysi, tietokannat ja laskennalliset työkalut. Opiskelija osaa käyttää tavanomaisia bioinformatiikan työkaluja ja ohjelmistoja esimerkiksi sekvenssien kohdistamiseen, tiedonhakuun ja tietojen analysointiin.
Assessment criteria, excellent (5)
Opiskelija ymmärtää erinomaisesti geenitekniikan periaatteet ja osaa selittää monimutkaisia tekniikoita ja niiden sovelluksia.
Opiskelija osoittaa erinomaista käytännön osaamista, suorittaa itsenäisesti geeniteknologian työmenetelmiä ja huomioi mahdolliset virhelähteet.
Opiskelija osoittaa erinomaisia analyyttisiä ja kriittisiä ajattelutaitoja.
Opiskelija osoittaa ymmärtävänsä erinomaisesti bioinformatiikan perusteita ja kykenee selittämään käsitteitä ja niiden merkitystä genomiikan ja molekyylibiologian kannalta.
Opiskelija osoittaa erinomaista taitoa käyttää bioinformatiikan välineitä ja ohjelmistoja, mukaan lukien tiedonlouhinta ja geneettinen analyysi.
Opiskelija ymmärtää erinomaisesti geenitekniikan periaatteet ja osaa selittää monimutkaisia tekniikoita ja niiden sovelluksia.
Opiskelija osoittaa erinomaista käytännön osaamista, suorittaa itsenäisesti kehittyneitä geeniteknologian kokeita ja etsii tarvittaessa vikoja.
Opiskelija osoittaa erinomaisia analyyttisiä ja kriittisiä ajattelutaitoja ja tarjoaa innovatiivisia ratkaisuja ja näkemyksiä geeniteknologian alalla.
Opiskelija osoittaa ymmärtävänsä erinomaisesti bioinformatiikkaa ja kykenee selittämään kehittyneitä käsitteitä ja niiden merkitystä genomiikan ja molekyylibiologian kannalta.
Opiskelija osoittaa poikkeuksellista taitoa käyttää monenlaisia bioinformatiikan välineitä ja ohjelmistoja, mukaan lukien monimutkainen tiedonlouhinta ja -analyysi.
Opiskelija osaa erinomaisestii yhdistää geenitekniikan tuloksia ja bioinformatiikan työkaluja tuosten analysoinnissa.
Assessment methods and criteria
Tentti ja opintotehtävät