BioinformatiikkaLaajuus (3 op)

Osaamistavoitteet

Opintojakson suoritettuaan opiskelija on saanut yleiskuvan bioinformatiikasta ja yleisimmistä tarjolla olevista alan tietokannoista ja työkaluista. Opiskelija osaa analysoida ja visualisoida tietokannoista haettua informaatiota, sekä soveltaa kerättyä informaatiota laboratoriotyöskentelyyn.

Sisältö

1. Bioinformatiikan perusteet: Peruskäsitteistö, sekä biologisen informaation hakeminen ja analysointi bioinformatiikan työkaluilla
2. Evoluution käsite molekyylitasolla
3. Bioinformatiikan hyödyntäminen laboratoriotyöskentelyssä

Esitietovaatimukset

TX00AD Geenitekniikka

Arviointikriteerit, tyydyttävä (1)

1. Opiskelija tuntee bioinformatiikan peruskäsitteistön ja osaa hakea ja tallentaa tarvitsemansa informaation. Opiskelija osaa linjata erilaisia sekvenssejä.
2. Opiskelija ymmärtää analogia, homologia, paralogia ja ortologia käsitteet geenitasolla.
3. Opiskelija pystyy hakemaan laboratoriotyöskentelyssä tarvittavaa lisäinformaatiota tietokannoista, kuten esimerkiksi tarkistamaan PCR-alukkeiden teoreettisen toimivuuden.

Arviointikriteerit, hyvä (3)

1. Opiskelija pystyy valitsemaan soveltuvat työkalut informaation analysointiin ja visualisoimaan analyysien tulokset. Opiskelija ymmärtää sekvenssien linjauksessa yleisimmin käytettävät algoritmit.
2. Opiskelija pystyy vertailemaan lajeja keskenään perustuen muutoksiin DNA-sekvenseissä (fylogeneettiset puut). Opiskelija pystyy tunnistamaan proteiinien konservoituneet alueet.
3. Opiskelija pystyy käyttämään bioinformatiivista osaamistaan tutustuessaan molekyylibiologisiin tutkimusmenetelmiin.

Arviointikriteerit, kiitettävä (5)

1. Opiskelija pystyy kriittisesti arvioimaan bioinformatiivisten analyysien luotettavuutta.
2. Opiskelija ymmärtää motiivi- ja domeeni -käsitteet ja miten nämä toimivat evoluutiossa.
3. Opiskelija pystyy hyödyntämään bioinformatiikkaa optimoidessaan ja kehittäessään molekyylibiologisia tutkimusmenetelmiä.